广东医学院有广州市校区、珠海校区、深圳市校区三个校区。在其中，广州市校区又分成三个校园内，分别是东校区、北校区和南校区。广东医学院有着10家直属机关附院（在其中7家综合性医院，3家专科门诊）。
广州市校区南校区位于广州广州海珠区新港西路135号，院系设定有中国语言中文系、历史时间学系、哲学系、社会心理学与社会学学院、会展学院、广东岭南学院、外国语学校学院、马列主义学院、数学课学院、物理学学院、地理科学与整体规划学院、生物科学学院、逸仙学院、体育部、造型艺术学院。
广州市校区北校区位于广州天河区中山市二路74号，院系设定有中山医学院、光明口腔内部医学院、公共卫生服务学院、医护学院。
广州市校区东校区位于广州广州番禺区高校城边环大道北132号，院系设定有法学院、政冶与公共行政管理方法学院、管理方法学院、心理学系、散播与设计方案学院、新闻资讯管理方法学院、工学院、有机化学学院、管理科学与工程项目学院、电子器件与电子信息工程学院、计算机科学与电子计算机学院（手机软件学院）、我国保密性学院、网络信息安全学院、环境生态工程与工程项目学院、专业规范与工程项目学院、药学院。
珠海校区位于珠海市香洲区唐家湾，院系设定有中国语言中文系（珠海）、历史时间学系（珠海）、哲学系（珠海）、国际投资学院、国际性汉语翻译学院、大国关系学院、度假旅游学院、数学课学院（珠海）、物理学与天文学学院、大气科学学院、海洋科学学院、地球科学与工程项目学院、应用化学与技术性学院、海洋技术与技术性学院、中俄核工程与技术性学院、建筑专业学院、微电子技术科学与技术学院、测绘工程科学与技术学院。
深圳市校区位于深圳深圳光明新区，院系设定有医学院、公共卫生服务学院（深圳市）、药学院（深圳市）、原材料学院、生物医学工程工程项目学院、电子器件与通信专业学院、智能工程学院、航天航空学院、农学院、绿色生态学院。
