福建省双一流大学有两家，分别是福州大学和厦大。厦大是近代中国文化教育史上第一所侨民创立的高校，也是国家“211工程”和“985工程”关键基本建设的高水平大学。
厦大设立研究生、6个学系及其30个学校和16个研究所，产生了包含历史人文科学、社会发展科学、当然科学、工程项目与技术性科学、管理方法科学、造型艺术科学、医药学科学等学科类别以内的完善学科管理体系。院校目前18个学科进到ESI全世界前1%，有着五个一级学科国家关键学科、9个二级学科国家关键学科。
福州大学是国家“双一流”基本建设高等院校、国家“211工程”关键基本建设高校、福建省人民政府与国家国家教育部共创高等院校。院校建立于1958年，已经发展趋势变成一因此工为主导、工院融合，理、工、经、管、文、法、艺等多学科共享发展的名牌大学。院校现设89个大学专业；38个一级学科硕士点、21个研究生专业硕士授权点；11个一级学科博士学位、两个二级学科博士学位（没有一级学科遮盖）；11个博士研究生科学研究流动站。院校有着一个国家关键学科、一个国家关键(培养)学科，“有机化学科学与工程项目学科群”当选国家发布的全球一流学科基本建设名册，有机化学学科进到国际性ESI学科排名前1‰，4个学科进到国际性ESI学科排名前1%。
