是双一流大学。双一流大学一般指全球一流大学和一流学科。南京中医药大学是全球一流学科基本建设高等院校，一流学科：中药学。
全球一流学科基本建设课程（一个）：中药学
国家重点发展学科（3个）：中药学、中医学医史参考文献、中医儿科学
国家关键（培养）课程（两个）：中医药学、中医内科学
江苏省高校优势学科工程建设（4个）：中医药学、中药学、中西医、护理专业
国家中医药管理局“十一五”重点发展学科（14个）：方剂学、温病学、中医儿科学、中医妇科学、中医学胆肝病学、针灸学、药用植物学、中药药理学、中药炮制学、中医学医史文献学、中医护理学、中医学肠胃病学、中医学肾病学、中医学肠道病学
