石河子大学是双一流大学。石河子大学是国家“211工程”关键建设高校、国家一带一路战略关键建设高校和省部共建高校，是“中西部地区高校基本工作能力建设工程项目”和“中西部地区高校整体实力提高工程项目”（一省一校）当选高校。2017年院校当选国家“双一流”建设（一流学科）高校。
石河子大学目前社会经济学、法律学、社会心理学、文学类、历史系、理学类、工科、医药学、医药学、企业管理学、设计学11大学科类别。院校有94个大学专业，八个一级学科博士研究生授予点、二十六个一级学科研究生学位授予点、20种研究生专业硕士受权类型、4个博士研究生科学研究流动站、两个博士研究生科学研究服务中心。目前国家一流建设课程1个、国家重点发展学科1个、自治州重点发展学科10个。临床医学专业、农业科学、有机化学3个课程进到ESI全世界前1%。有国家级一流专业建设点6个、国家级一流课程内容8门，省部级一流专业建设点24个。
石河子大学也有国家级课堂教学精英团队3个、国家级课堂教学优秀教师两人、国家级开放课程4门、在线精品示范课3门、精典共享资源课2门、国家级重点学科建设新项目五个、教学实验示范性管理中心1个。院校是国家教育部非凡（医师、技术工程师、农业和林业优秀人才）教育引导方案新项目示范点高校，设立6个卓越人才培养方案新项目示范点技术专业。院校还设立国家在校大学生文化艺术德育教育产业基地、学校外实践活动教育基地。
