有两个教学区，分别是哈尔滨工程大学青岛市教学区、哈尔滨工程大学总部。学校依次归属于第六机械工业部、我国船舶工业公司总部、国防科工委，现归属于工业生产和信息化管理部。是工业生产和信息化管理部、国家教育部、黑龙江、哈尔滨共创高等院校。
哈尔滨工程大学总部：黑龙江哈尔滨南岗区南通市街道145号。
学校1978年被国务院办公厅明确为全国各地名牌大学；是第一批具备博士研究生、研究生学位授予权企业，第一批“211工程”关键基本建设高等院校；2002年，获准创建研究生；2011年，变成国家“985工程”优点学科自主创新服务平台建设项目高等院校；2017年，进到国家“双一流”基本建设行列；是国家“三海一核”（船舶工业、南海舰队武器装备、深海开发设计、核能发电运用）行业关键的人才的培养和科研产业基地。
学校在国家教育部第四轮学科评定中获A 、A-级别学科各一个，获B 级别学科五个，B级学科6个，13个学科进到全国各地前30%行列；学校管理科学、水利学、有机化学进到ESI全世界前1%。
